L’Autocontrollo e il sistema HACCP pone l’obbligo per l’operatore del settore alimentare di tenere sotto controllo le proprie produzioni sulle materie di igiene e sicurezza. L’autocontrollo è obbligatorio per tutti gli operatori che a qualunque livello siano coinvolti nella filiera della produzione alimentare. L’HACCP consente di applicare l’autocontrollo in maniera razionale e organizzata. Il piano di autocontrollo HACCP deve essere messo in atto e documentato in maniera sistematica cosicché ogni industria alimentare può essere in grado di dimostrare la sua operatività  in un’ottica di prevenzione dei pericoli alimentari. Il fondamento dell’autocontrollo si basa sulla prevenzione dei pericoli tramite l’applicazione di procedure operative sulla formazione e sensibilizzazione del personale.
Molto importanti sono le metodologie di lavoro del personale, la verifica dei mezzi di trasporto, la pulizia e la disinfezione dei luoghi e delle attrezzature e delle manipolazioni dell’alimento nelle fasi di lavorazione.